目次
- A章 分子シミュレーションの基礎知識
- A1 分子シミュレーションとは何ですか？
- A2 分子動力学法とは何ですか？
- A3 分子力場とは何ですか？
- A4 分子動力学法で使う近似について教えてください
- A5 分子動力学法とモンテカルロ法はどこが違うのですか？
- A6 分子動力学法では電子の運動はどうなっているのですか？
- A7 分子動力学法では温度や圧力はどうなっているのですか？
- A8 熱浴制御について教えてください
- A9 どのような実験値が計算できるか教えてください
- A10 自由エネルギー計算について教えてください
- A11 単位についての注意点を教えてください
- A12 実験値との比較について教えてください
- B章 計算機環境のセットアップ
- B1 一度，分子シミュレーションを試してみたいのですが
- B2 どのような分子シミュレーションプログラムがありますか？
- B3 AMBERについて教えてください
- B4 AMBERのバージョンによる違いを教えてください
- B5 端末からサーバーを利用する方法を教えてください
- B6 AMBERのインストールの仕方を教えてください
- B7 マルチコアＣＰＵで並列化したいのですが
- B8 計算機ノード間で並列化したいのですが
- B9 計算結果を可視化するためのソフトウェアを教えてください
- C章 計算を始めてみよう
- C1 計算の一連の流れを教えてください
- C2 計算の実行方法を教えてください
- C3 AMBERのインプットファイルについて教えてください
- C4 AMBERのインプットファイルの作り方を教えてください
- C5 力場の設定方法を教えてください
- C6 AMBERのアウトプットファイルについて教えてください
- C7 VMDで可視化を行うときのコツを教えてください
- C8 分子運動の動画を作る方法を教えてください
- C9 平衡化計算について教えてください
- C10 エネルギー変化について知りたいのですが
- C11 拡散係数の求め方を教えてください
- C12 動径分布関数について教えてください
- C13 対象系のサイズと計算時間の関係を教えてください
- C14 エラーの意味と対処法を教えてください
- D章 孤立分子系や気相分子系を取り扱ってみよう
- D1 孤立分子系の計算手順を教えてください
- D2 分子内力場について教えてください
- D3 エネルギー最小化について教えてください
- D4 配座異性体の安定性について教えてください
- D5 気相分子系の計算手順を教えてください
- D6 古典分子動力学法では反応を扱うことはできないのですか？
- D7 基準振動解析について教えてください
- D8 化学平衡の取り扱い方を教えてください
- E章 分子凝縮系を取り扱ってみよう
- E1 分子凝縮系の計算手順を教えてください
- E2 溶媒水分子モデルにはどのような種類がありますか？
- E3 周期境界条件を使用するときのポイントを教えてください
- E4 溶媒和ボックスについて教えてください
- E5 相互作用カットオフや基本セルの大きさはどのように決めるのですか？
- E6 分子間力場について教えてください
- E7 熱平衡状態であるかの判断はどのようにするのですか？
- E8 溶媒和構造について教えてください
- E9 自由エネルギーを求める具体的手順を教えてください
- E10 エワルド計算を行うときの注意点を教えてください
- E11 一般化ボルンモデルについて教えてください
- E12 溶媒効果について教えてください
- E13 電荷やレナード・ジョーンズパラメーターの作り方を教えてください
- E14 AMBERにないポテンシャル力場を使うには？
- E15 ANTECHAMBERによる力場の作成方法を教えてください
- F章 生体分子を取り扱ってみよう
- F1 PDBファイルについて教えてください
- F2 生体分子の計算手順を教えてください
- F3 アミノ酸配列から初期構造を作成する手順を教えてください
- F4 pHの指定はできますか？
- F5 N，C末端の状態を指定したいのですが
- F6 ジスルフィド結合を含む系を作成したいのですが
- F7 変異体の計算をしたいのですが
- F8 Water capについて教えてください
- F9 RMSフィットについて教えてください
- F10 タンパク質の構造変化の算出方法について教えてください
- F11 αへリックスやβシートといった二次構造の判別方法を教えてください
- F12 溶媒露出面積の計算がしたいのですが
- F13 DNA/RNAの計算方法を教えてください
- F14 糖鎖の計算方法を教えてください
- F15 SHAKE法やRATTLE法を使う意味を教えてください
- F16 タンパク質のフォールディングは再現できますか？
- F17 リガンドと受容体の親和性を計算したいのですが
- F18 脂質膜の計算をしたいのですが
- F19 ヘムの力場の使い方を教えてください
