無料で解析する

本書には分子動力学シミュレーションの計算結果を解析するツールが付属しておりません。しかし、AmberToolsを利用すれば、無料で解析することが可能になります。付属DVDに含まれているLEaPを用いる演習も行うことができるようになります。

AmberToolsのインストール

AmberToolsには、４つのプログラム（核酸ビルダー(nucleic acid builder, NAB)、ANTECHAMBER、PTRAJ、LEaP）が含まれています。

AmberToolsは、ここでダウンロードすることができます。

1. Windows環境へのインストール方法を説明します。予め、Cygwin ( http://www.cygwin.com/ ) をインストールしておいてください。xLEaPを利用する場合には、Cygwin/Xも必要になります。

2. 環境設定をします。~/.bash_profile に以下の行を追記します。


AMBERHOME=/home/user01/app/amber10　← AmberToolsをインストールするフォルダ

export AMBERHOME

PATH=${PATH}:$AMBERHOME/exe

export PATH

編集が終わったらCygwinを立ち上げなおすなりして、設定を反映させてください。

3. AmberToolsをインストールします。


$ cd $AMBERHOME/src

$ ./configure_at -cygwin gcc

$ make -f Makefile_at

1. まず、X Windowを起動します。


$ startx

2. 新しく開いたウィンドウでxleapを起動します。


$ xleap

LEaPの使い方は本書を参照してください。

PTRAJを用いて動径分布関数を計算することができます。

1. スクリプトファイルを次のように作ります（ここでは ptraj.in とする）。以下は、アンモニア水溶液系において、窒素原子周囲の酸素原子の動径分布関数を計算する例です。


trajin mdcrd

radial test 0.1 10.0 @N1 @O

本書では、スクリプトファイルの最終行に go という文字が入っていますが、AmberToolsのPTRAJではこの文字はいらないようです。

2. 実行します。


$ ptraj prmtop ptraj.in

数値データ解析やグラフ化のためのフリーソフトには次のようなものがあります。