**************** The 3rd., Lab Seminar ****************************

Title: Protein Collective Motions Coupled to Ligand Migration in Myoglobin
　Y. Nishihara, S. Kato, S. Hayashi, Biophysical Journal, 98 (2010) 1649.

Speaker: Masayoshi Takayanagi

Date: Thu. Jun. 17th, 1:00 pm

Abstract:
分子動力学法によりミオグロビンにおけるリガンド移動と相関した集団
運動の理論的解析を行った。線形応答理論により、空洞間の通路を
COリガンドが通過する際に生じる集団運動を算出した。その結果、
通路を開く変形は、集団運動を伴って生じていることが明らかになった。
また一般化ランジュバンダイナミクスにより、Mbの運動応答の解析を
行った。その結果、TST理論よりも極めて遅いリガンド移動速度が
得られ、特定の構造を保っている通路を熱的に大きなエネルギーを
リガンドが受けた時に通るという描像よりも、集団運動を含むタンパク
質の動きによってリガンド移動が特徴づけられることが示唆された。

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