**************** The 2nd., Lab Seminar *****************

Date: Tue, May 16, 2006  PM 1:30-

Place: No.616 Seminar room
　　　　　　 Graduate School of Information Science

Speaker: Isseki Yu

Title: Hydrogen Bonding in Helical Polypeptides from Molecular Dynamics
Simulations and Amide Hydrogen Exchange Analysis: Alamethicin and
Melittin in Methanol
Biophysical Journal Volume 74 January 1998 138-152
Richard B. Sessions, Nick Gibbs, and Christopher E. Dempsey
Biochemistry Department and Centre for Molecular Recognition, 
Bristol University, School of Medical Sciences,
Bristol BS8 1TD, United Kingdom

Abstract:
溶液中のタンパク質のアミドプロトンは、重水を加えると、溶媒中のイオン(D3O+とOD-)
のプロトン(D)に交換される。この現象を重水素交換（H/D交換）という。H/D交換反応の
測度定数（kex）はタンパク質の局所的な揺らぎの大きさを反映したパラメータとして
NMR法と共に近年重要視されているが、その定量的解釈については未だ不明な部分が
多く、分子レベルの反応律速要因解明は挑戦的課題である。今回のセミナーは、
alamethicinと melittinというペプチドの各アミドプロトンについて、隣接する残
基との水素結合の強さとkexの相関を分子動力学シミュレーションによって調査した
論文を紹介すると共に、現在の自分の研究テーマとの関連や、疑問点などについ
て解説する。

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