***********************第3回FCS講習会***********************
　　　　
題  　目：　分子シミュレーション入門

Title   ：　Introduction to Molecular Simulation

発 表 者：　Dr. Vladislav Vassiliev *
            Dr. Ivan Rostov *
            Dr. Roger Amos * 
            Dr. Rika Kobayashi *
	    竹中規雄 博士 $
            高柳昌芳 博士 $
            栗崎以久男 博士 $

Speaker ：　Dr. Vladislav Vassiliev *
            Dr. Ivan Rostov *
            Dr. Roger Amos * 
            Dr. Rika Kobayashi *
            Dr. Norio Takenaka $
            Dr. Masayoshi Takayanagi $
            Dr. Ikuo Kurisaki $

所　  属　 ：  *オーストラリア国立大学
               $名古屋大学
Affiliation：  * The Australian National University
               $ Nagoya University

日  　時：　 ６月２３日（火）午後１０時００分〜（約７時間）
Date    ：　 Tues. Jun. 23rd, 10:00 am (Almost seven hours)

場　  所： 　名古屋大学 ES総合館 ES会議室
Place   ：   ES hall, Nagoya University

内　  容：
この講習会では、生体高分子を対象とした分子動力学（MD）シミュ
レーション汎用プログラムAMBER（アンバー）を利用して，その計
算手法の説明から計算結果の解析方法までを学びます。とくにタン
パク質などの生体高分子のMDシミュレーションを始めてみたいと考
えている初心者から、結合自由エネルギー計算や、分子力学（MM）
と量子力学（QM）を組み合わせたハイブリッドシミュレーション
（QM/MM法）を知りたいと思っている経験者まで，幅広く対象にし
て基礎から応用までをカバーするカリキュラムとなっています。
参考：　http://ccs.engg.nagoya-u.ac.jp/ あるいは
http://www.ncube.human.nagoya-u.ac.jp/


プログラム (一部変更の可能性があります。)

6月23日 (火)
10:00-10:30   分子シミュレーションの理論的背景
　　　　　　　講師　竹中規雄
10:30-11:10   AMBERによる分子シミュレーション入門-1
　　　　　　　講師　栗崎以久男
             計算ファイルの準備について
(休憩: 10分)
11:20-12:00   AMBERによる分子シミュレーション入門-2
　　　　　　　講師　高柳昌芳
             計算の実行と結果の解析について
昼食
13:10-14:25   AMBERによるMM-PBSA法を用いた結合自由エネルギー
              の評価
　　　　　　　講師　Vladislav Vassiliev
(休憩: 10分)
14:35-15:50   AMBERによるQM/MMシミュレーション
　　　　　　　講師　Vladislav Vassiliev
(休憩: 10分)
16:00-17:00   量子化学計算による応用研究の紹介
　　　　　　　講師　Rika Kobayashi


Abstract：
In this seminar, we learn how to use AMBER, a widely used 
molecular dynamics (MD) simulation program package for 
chemical species and bio-molecules. The curriculum includes 
both their basic and advanced usages. We start from the 
basic setup and execution of MD simulations. Then, we 
introduce advanced usages, the binding free energy 
calculations and the hybrid simulations with molecular 
mechanics (MM) and quantum mechanics (QM), 
i.e., QM/MM method.

Program 

Jun.23 (Tue.)
10:00-10:30  Theoretical Background of Molecular Simulations
	Norio Takenaka
(Break 10 min.)
10:30-11:10  Introduction of Molecular Simulation Using 
             AMBER (1)
	Ikuo Kurisaki
(Break 10 min.)
11:20-12:00  Introduction of Molecular Simulation Using 
             AMBER (2)
	Masayoshi Takayanagi

Lunch

13:10-14:25  Evaluating Free Energies of Binding Using 
             Amber: The MM-PBSA Approach
	Vladislav Vassiliev
(Break 10 min.)
14:35-15:50  A Hybrid QM/MM Approach and its Implementation 
             in Amber
	Vladislav Vassiliev
(Break 10 min.)
16:00-17:00  Introduction to Application Research with 
             Computational Quantum Chemistry
	Rika Kobayashi

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