************第39回尾張コンプレックスセミナー************* Title : COMPUTER SIMULATION STUDY ON MOLECLURA RECOGNITION MECHANISM OF AN RNA-BINDING PROTEIN 発 表 者: 栗崎 以久男 (立命館大学 理工学総合研究機構 博士研究員) Speaker : Ikuo Kurisaki (Research Organization of Science and Engineering, Ritsumeikan University, post doctoral fellow) 日 時: 12月13日(月)午後1時30分〜 Date : Mon. December 13th, 1:30 pm 場 所: 情報科学研究科4階演習室 (4Fエレベータを降りてすぐ右の部屋) 内 容: RNA結合タンパク質(RNA-binding protein: RBP)は細胞内における RNA代謝にかかわる一群のタンパク質である。その機能発現は 特定の配列や構造を持つRNAとの複合体形成を経てなされる。 これまでにおよそ1000個のRBP-RNA複合体の構造が解かれて おり、それらの構造観察に基づき分子認識のメカニズムが明らか にされてきた。さらに、物理化学に基づく計算機シミュレーションを 用いることでRBPのRNA認識メカニズムのより深い理解が試み られている。本セミナーでは、一般的なRNA結合ドメイン、KH ドメインを持つNOVAについて、分子動力学計算を用いた分子運動 ダイナミクスの解析の研究と、フラグメント分子軌道(fragment molecular orbital: FMO)法を用いた電子状態解析についての研究 を紹介する。以下に研究概要を示す。 [1] 分子認識と電子状態には密接な関係があると考えられる。FMO 法量子化学計算を用いて、RBPおよびRNAを丸ごと計算し、複合体 形成に伴う電子状態の変化を調べた。RBP-RNA相互作用の有無 でのフラグメント間相互作用エネルギーの差を網羅的に可視化 表示することで電子状態の変化とタンパク質の構造の関係を解析 した。 [2] RBP-RNA複合体構造の統計的研究から、RBPの結合界面に は高頻度で非極性残基のペア(e.g. Ile-Ile doublet)が現れることが 明らかになった [Kim et al., Nucleic Acid Res., 34, 6450-6460 (2006)]。そこで、天然構造を元に塩基の変異をモデリングで用意し、 分子動力学法を用いて結合自由エネルギー計算を計算した。 一見相互作用の弱そうな非極性残基が特定の塩基を認識する メカニズムを検証した。 [3] 分子間相互作用界面は高い凝集傾向を示すことが知られている [Pechmann et al.,PNAS, 106,10159-10164 (2009)]。RBPは広大な 細胞空間において、周囲の分子との非特異的相互作用に曝され ながら標的を探索しなければならない。単独構造でのRBPにはこれら の非特異的相互作用に由来する異常な凝集を回避する機構が 備わっていると考えられる。そこで、溶媒露出表面積(solvent accessible surface area: SASA)と凝集傾向指標(Spatial Aggregation Propensity:SAP [Chennamsetty et al. PNAS, 106, 11937-11942 (2009)])を元に、RNA結合タンパク質の凝集回避のメカニズムの存在 を検証した。 Abstract: RNA-binding proteins (RBPs) play roles in RNA metabolism in the cell. RBPs express their functions when they bind their target RNAs recognizing specific sequences and/or shapes. 1000 of 3D structure of RBP were resolved and the molecular recognition mechanism has been revealed based on protein structure of RBP-RNA complex. Furthermore, computer simulations have been employed to obtain deeper insight into the issue from the aspect of physico-chemical properties. In this seminar, I will present the molecular dynamics simulation study and electronic state calculation with fragment molecular orbital based quantum mechanics (FMO-QM) calculation for one of RNA-binding protein, NOVA which have canonical RNA- binding domain, KH-domain. The summary of each study was shown below. [1] Molecular recognition would be tightly associated with electronic state of the molecules. We calculated the electronic state of whole RBP and RNA employing FMO-QM calculation and analyzed the change of electronic state upon the complex formation. By comprehensively visualizing the change of inter-fragment interaction energy upon the RBP-RNA inter-molecular interactions, we examined the relation between RBP structure and change of electronic state. [2] The statistic study on 3D structure of RBPs revealed that non-polar residue doublet (e.g. Ile-Ile doublet) were familiar components of RNA-binding interface [Kim et al., Nucleic Acid Res., 34, 6450-6460 (2006)]. We performed molecular modeling to prepare RNA-mutated structure and estimate binding free energy for both wild type and the mutants. We examined the contribution of seemingly weak interactions on RNA base recognition. ***********************************************************