F2の解答例

Q2.

grepとawkコマンドによりmdoutファイルから温度情報を抜き出します。

grep 'TEMP(K)' mdout | awk '{print $9}' > temp.txt

得られた温度ファイルtemp.txtをExcelあるいはその他グラフ描画が可能なソフトウェアで読み込んでグラフを作成します。なお、temp.txtの最後の２行はそれぞれＭＤ計算全体での温度の平均および標準偏差ですので、グラフ描画の際には省きます。

Q3.

※問題文に間違いがありました。正しくは「ＮＶＥ一定」ではなく「ＮＶＴ一定」です。

mdinファイルの以下のパラメータを変更してＭＤ計算を実行します。

nstlim = 500000
ntt = 1, ntb = 1, ntp = 0  （ＮＶＴ一定条件）
temp0 = 700

ＶＭＤによる可視化結果は「動画ファイル」の「ミオグロビンの構造が壊れる様子」を見てください。

Q4.

まず「１．LEaPによってinpcrd, prmtopファイルを作成する」で作成した104M.top, 104M.crdから、結晶構造のＰＤＢファイルref.pdbを作成します。

ambpdb -p 104M.top < 104M.crd > ref.pdb

そしてＲＭＳＤを算出します。

ptrain_rmsfitファイルを作成

trajin mdcrd
reference ref.pdb
rms reference mass out rmsd.txt :1-153

ptrajの実行

ptraj 104M.top ptrain_rmsfit