E8の解答例

VMDでNH3_hyd.topとmd.crdファイルを読み込みましょう。

描画表示をHBondsに変更することによってアンモニア分子-水分子間の水素結合の生成と解裂の様子を観察しやすくなります。

なお、VMDの使用方法については項目C7を参照して下さい。

アンモニア分子の窒素(N1)原子と水分子の酸素(O)原子間の動径分布関数(RDF)を描画してみましょう。

まず、script_noファイルを作成します。

trajin md.crd
radial no 0.01 10.0 @O ＠N1
go

次にptrajを実行します。

ptraj NH3_hyd.top script_no

以下に得られたRDFを示します。

この系ではアンモニアは1分子しか含まれていないため，より滑らかな動径分布関数を得るためには多くの座標データが必要となります。