D1の解答例

Q1.

DCE_iso.inファイルへ以下のパラメータを追加してＭＤ計算を実行します．

tempi=300,

以下の図で，系の温度が0 Kの場合と300 Kの場合について，分子内運動に対応するポテンシャルエネルギーの時間変化を比較して示します．

系の温度が300Kの場合には分子の熱振動のため， 温度が0 Kの場合に比べて分子内運動のポテンシャルエネルギーが揺らいでいる様子が観察できます．

Q2.

DCE_iso.inファイルへ以下のパラメータを追加および変更してＭＤ計算を実行します．

tempi=300, ntf=1, ntc=1,

以下の図で，SHAKE法を使用する場合と使用しない場合について，伸縮振動のポテンシャルエネルギーの時間変化を比較して示します．

SHAKE法を使用する場合には，水素原子を含む結合を固定するため，使用しない場合に比べて伸縮振動のポテンシャルエネルギー(BOND)が小さくなります．SHAKE法を使用する場合には，このエネルギーの差を無視している点に注意が必要です．