C9の解答例

Q1.

NH3_eq.inファイルの以下のパラメータを変更してＭＤ計算を実行します。

tempi=0.0

grepとawkコマンドによりmd.outファイルから全エネルギー情報を抜き出します。

grep 'Etot' md.out | awk '{print $3}' > etot.txt

得られた温度ファイルtemp.txtをExcelあるいはその他グラフ描画が可能なソフトウェアで読み込んでグラフを作成します。なお、temp.txtの最後の２行はそれぞれＭＤ計算全体での全エネルギーの平均および標準偏差ですので、グラフ描画の際には省きます。以下に、初期温度500 Kのサンプル計算結果と初期温度を0 Kに変更した計算結果を示します。

Q2.

※問題文に間違いがありました。正しくは「全エネルギーの収束状況」ではなく「温度の収束状況」です。

NH3_eq.inファイルの以下のパラメータを追加してＭＤ計算を実行します。

tautp=2.0

grepとawkコマンドによりmd.outファイルから温度情報を抜き出します。

grep 'TEMP(K)' md.out | awk '{print $9}' > temp.txt

以下に、tautp=1.0のサンプル計算結果とtautp=2.0に変更した計算結果を示します。